Английские колонизаторы ввели в стране систему косвенного управления, просуществовавшую почти без изменения до августа 1957 г. В каждый султанат был назначен английский резидент, который руководил государственным советом султаната.

Низшими чиновниками местного управления стали пенгхулу — наследственные старосты кампонгов (малайских деревень). Все дела, связанные с мусульманской религией, остались в руках малайского духовенства.

Английские колонизаторы начали в больших масштабах добычу олова, приступили к организации плантаций каучуконосов. Огромный спрос на дешевую рабочую силу привел к массовой иммиграции в Малайю китайцев и индийцев. В начале 1920-х годов рабочие стали объединяться в профсоюзы.

В 1931 г. в стране была создана коммунистическая партия, с самого начала многонациональная по составу. За все время своего существования компартия Малайи лишь в период с 1945 по 1948 г. находилась на легальном положении.

В начале второй мировой войны Малайю оккупировали японцы. В стране развернулось широкое национально-освободительное движение, в котором участвовали малайцы, китайцы и индийцы во главе с Коммунистической партией Малайи. В 1945 г., после изгнания японцев, во многих городах и селах Малайи были созданы народные комитеты. Однако к декабрю 1945 г. английские колонизаторы полностью восстановили свою власть в Малайе.

Стремясь расколоть и подавить национально-освободительное движение, они в 1946 г. выделили Сингапур в отдельную колонию, изолировав таким образом передовой отряд рабочего класса страны от населения всей Малайи. В 1948 г. девять малайских султанатов, а также Пенанг и Малакка объединились в Малайскую Федерацию.

Вслед за этим английские власти объявили в стране чрезвычайное положение и перешли к открытым военным действиям против малайских патриотов. Были запрещены коммунистическая партия и другие прогрессивные организации.

Около 580 тыс. жителей деревень, расположенных на окраине джунглей (в основном китайцев), насильственно переселили в так называемые новые деревни, окруженные проволокой и строго охраняемые. Это было сделано для изоляции партизан и лишения их продовольствия.