Малаккский султанат просуществовал немногим более ста лет. В 1511 г. город, а затем и весь султанат захватили португальцы. В 1641 г. их вытеснили голландцы, победившие в острой борьбе за господство в Малаккском проливе и на Малайском архипелаге.

На юге полуострова после падения Малакки возвысился султанат Джохор, правитель которого подчинил себе ряд малайских княжеств (Паханг, Тренгану, Кланг, Сунгей-Уджонг), а также острова Риау и Линга, часть Восточной Суматры и западную оконечность Калимантана. В XVII в. в Джохоре и соседнем с ним княжестве Селангоре поселилась значительная группа бугов с острова Сулавеси. Вскоре они заняли здесь господствующее положение.

На протяжении XVI—XVIII вв. вокруг Малакки селились минангкабау с Суматры. В конце XVIII в. мелкие минангкабауские княжества объединились в федерацию Негри-Сембилан («Девять государств»). Северные султанаты Патани, Лигор, Кедах, Келантан и Тренгану оставались в вассальной зависимости от Сиама. Подобное положение сохранялось до начала XIX в.

Население феодальных княжеств полуострова Малакки занималось земледелием; все большее значение приобретала добыча олова и золота. Развитие товарно-денежных отношений в стране вело к разрушению натурального феодального хозяйства. Население полуострова в это время было немногочисленным — около 300 тыс. человек.

Во внутренних районах джунглей жили семанги, сенои и джакуны. Более удобные для земледелия речные долины и особенно дельты рек заселили малайцы. Такой застали Малайю английские колонизаторы.