В XII в. Камбоджа продолжала играть первостепенную роль среди государств Юго-Восточной Азии. После короткого периода смут, последовавших за смертью Сурьявармана II (в 1145 г.), в 1181 г. началось блестящее царствование Джайявармана VII.

Ревностный буддист, он построил уникальный храм Байон с полусотней башен, изображающих громадные лица Будды; по его повелению сооружались больницы, богадельни, приюты для паломников, библиотеки, духовные академии, в том числе и женская, которой руководила королева.

В последующие годы начался постепенный, сначала не очень заметный упадок Ангкорской империи. В первой половине XIII в. камбоджийские войска покинули завоеванную ранее Чампу, а таи вытеснили кхмерскую власть из Сиама. В XIV в. усилился натиск сиамских войск на север Камбоджи. Десятки тысяч кхмеров угонялись в Сиам и среди них лучшие мастера, художники и ремесленники.

В 1432 г. очередным нашествием сиамцев Ангкор был опустошен и разрушен. Каменные громады храмов остались, но деревянные строения — жилища и знати и простолюдинов — сгорели. Король Понхейят решил окончательно перенести столицу в глубь страны, и с тех пор она находилась на реке Тонлесап то в Удонге, то в Пномпене.

Ангкор зарос лесом, но вопреки утверждениям «открывших» его в середине XIX в. французских путешественников, он никогда не был забыт кхмерами, и верующие постоянно посещали Ангкорват. В конце XVI в. при короле Сатха I делались даже попытки восстановить и заселить его снова, но вторжения сиамских войск помешали этому.

В то же время, в конце XVI в., началось проникновение в Камбоджу португальцев и испанцев, сперва католических миссионеров, а вслед за ними авантюристов-военных. Испанцы Руис и Велосо на несколько лет захватили власть в стране и хотели подчинить ее испанской короне, но восставший народ перебил незадачливых конкистадоров. Попытки политического проникновения в Камбоджу предпринимались в XVII—XVIII вв. и голландцами и японцами, но прошли почти бесследно для истории страны.

Зато сиамское господство становилось все сильнее и сильнее. С другой стороны, Дайвьет тоже стремился подчинить Камбоджу своему влиянию. Раздираемая междоусобными войнами оспаривающих трон принцев, Камбоджа все более впадала в двойную зависимость — от Сиама и от Дайвьета. Эти могущественные соседи боролись за преобладание в Камбодже, поддерживая своих ставленников и отторгая от нее части ее территории.